ARMS-PCR法检测BCR-ABL融合基因ABL激酶区的核酸组合物、试剂盒

摘要：

本发明提出了一种ARMS‑PCR法检测BCR‑ABL融合基因ABL激酶区的核酸组合物、试剂盒；所述核酸组合物为根据BCR‑ABL融合基因ABL激酶区19种常见突变及ABL内参设计的引物及探针序列，所述试剂盒可实现在11孔内可完成检测，操作简单，检测灵敏度可达1％，与其他常见分子生物学检测方法相比，大大降低检测周期并降低了实验成本，同时提高了实验灵敏度和准确性。

专利类型：发明专利

申请/专利号：CN202310223058.1

申请日期：2023-03-08

公开/公告号：CN116536402A

公开/公告日：2023-08-04

主分类号：C12Q1/6858(2018.01)

申请/专利权人:华中科技大学同济医学院附属协和医院

发明/设计人:邓君;丁雅洁;梅恒;胡豫

主申请人地址:430000 湖北省武汉市解放大道1277号

专利代理机构:武汉天领众智专利代理事务所(普通合伙)

代理人:刘点

国别省市代码:湖北;42

权利要求：

1.一种ARMS-PCR法检测BCR-ABL融合基因ABL激酶区的核酸组合物，其特征在于，所述核酸组合物为F311L；F311I、T315A、F317LC、F317I、F317LA、F317L、T315I、F359I、F359C、F359V、M351T、G250E、E255K、E255V、Q252H、M244V、Y253H、H396R 19种点突变设计的引物对及探针组。 2.根据权利要求1所述的核酸组合物，其特征在于，所述引物对及探针组包括：T315I：如SEQ ID NO：1-2所示的引物对及如SEQ ID NO：3所示的探针； F317L：如SEQ ID NO：1、4所示的引物对及如SEQ ID NO：3所示的探针；G250E：如SEQ IDNO：5-6所示的引物对及如SEQ ID NO：7所示的探针；F359V：如SEQ ID NO：8-9所示的引物对及如SEQ ID NO：10所示的探针；E255K：如SEQ ID NO：5、11所示的引物对及如SEQ ID NO：7所示的探针；Y253H：如SEQ ID NO：5、12所示的引物对及如SEQ ID NO：7所示的探针；H396R：如SEQ ID NO：13-14所示的引物对及如SEQ ID NO：15所示的探针；M244V：如SEQ ID NO：5、16所示的引物对及如SEQ ID NO：7所示的探针；Q252H：如SEQ ID NO：5、17所示的引物对及如SEQ ID NO：7所示的探针；E255V：如SEQ ID NO：5、18所示的引物对及如SEQ ID NO：7所示的探针；F311L：如SEQ ID NO：1、19所示的引物对及如SEQ ID NO：3所示的探针；F311I：如SEQ ID NO：1、20所示的引物对及如SEQ ID NO：3所示的探针；F317LA：如SEQ ID NO：1、21所示的引物对及如SEQ ID NO：3所示的探针；F317LC：如SEQ ID NO：1、22所示的引物对及如SEQ ID NO：3所示的探针；T315A：如SEQ ID NO：1、23所示的引物对及如SEQ ID NO：24所示的探针；F317I：如SEQ ID NO：1、25所示的引物对及如SEQ ID NO：3所示的探针；M351T：如SEQ ID NO：8、26所示的引物对及如SEQ ID NO：10所示的探针；F359C：如SEQ ID NO：8、27所示的引物对及如SEQ ID NO：10所示的探针；F359I：如SEQ ID NO：8、28所示的引物对及如SEQ ID NO：10所示的探针；及内参：如SEQ ID NO：29-30所示的引物对及如SEQ ID NO：31所示的探针；所述探针序列的5’端采用报告基团修饰，探针序列的3’端采用淬灭基团修饰。 3.根据权利要求1所述的核酸组合物，其特征在于，所述探针为5’端FAM修饰，3’端MGB修饰。 4.权利要求1-3任意一项所述核酸组合物在制备检测BCR-ABL融合基因ABL激酶区试剂盒中的应用。 5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述试剂盒将引物对及探针组分成如下11管： Tube 1：引物序列如SEQ ID NO：1、19、20、23所示，探针序列如SEQ ID NO：3所示； Tube 2：引物序列如SEQ ID NO：1、22、25所示，探针序列如SEQ ID NO：3所示； Tube 3：引物序列如SEQ ID NO：1、21、4所示，探针序列如SEQ ID NO：3所示； Tube 4：引物序列如SEQ ID NO：1-2所示，探针序列如SEQ ID NO：3所示； Tube 5：引物序列如SEQ ID NO：8、28、27所示，探针序列如SEQ ID NO：10所示； Tube 6：引物序列如SEQ ID NO：8、9、26所示，探针序列如SEQ ID NO：10所示； Tube 7：引物序列如SEQ ID NO：5-6所示，探针序列如SEQ ID NO：7所示； Tube 8：所用引物序列如SEQ ID NO：5、11、18、17、16所示，探针序列如SEQ ID NO：7所示； Tube 9：所用引物序列如SEQ ID NO：5、12所示，探针序列如SEQ ID NO：7所示； Tube 10：所用引物序列如SEQ ID NO：13、14所示，探针序列如SEQ ID NO：15所示； Tube 11：引物序列如SEQ ID NO：29、30所示，探针序列如SEQ ID NO：31所示。 6.一种ARMS-PCR法检测BCR-ABL融合基因ABL激酶区试剂盒，其特征在于，包括如权利要求1-3任意一项所述的核酸组合物。 7.根据权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，还包括用于荧光定量PCR扩增的反应试剂。 8.一种非诊断为目的检测BCR-ABL融合基因ABL激酶区的方法，其特征在于， 引物终浓度为300nM，探针终浓度为200nM； 所述引物探针mix为权利要求1-3任意一项所述的核酸组合物。 9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述反应体系的反应条件为95℃5min；95℃25s，64℃20s，72℃20s，10个循环，不采集荧光；93℃25s，60℃35s，30个循环，采集荧光；72℃，20s。