GBS获取白菜类作物基因组SNP构建指纹图谱的方法

摘要：

本发明提供一种基于GBS技术获取白菜类作物全基因组高密度SNP位点构建指纹图谱的方法，包括：(1)设计不同的酶切方案，预测单酶切或双酶切白菜类材料基因组所获得的酶切片段分布情况；(2)根据酶切片段分布特点设计条形码接头及PCR扩增引物；(3)构建简化基因组测序文库；(4)利用步骤(3)构建的文库进行上机测序；(5)根据测序结果获得SNP标记位点，用于构建指纹图谱。本发明为不同白菜类作物材料利用GBS构建全基因组高密度SNP图谱提供了一种通用策略，该方法降低了测序成本，酶切位点在基因组上分布均匀，利用本方法对100份白菜类材料进行了测序，费用可降低70％左右，获得的多态性位点足够用于性状分析。

专利类型：发明专利

申请/专利号：CN201810651703.9

申请日期：2018-06-22

公开/公告号：CN108913797A

公开/公告日：2018-11-30

主分类号：C12Q1/6895(2018.01)I

申请/专利权人:中国农业科学院蔬菜花卉研究所

发明/设计人:孙日飞;李国亮;张淑江;程锋;李菲;章时蕃;张慧

主申请人地址:100081 北京市海淀区中关村南大街12号

专利代理机构:北京路浩知识产权代理有限公司 11002

代理人:王文君%黄爽

国别省市代码:北京;11

权利要求：

1.基于GBS技术获取白菜类作物全基因组高密度SNP位点构建指纹图谱的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)按照表1的酶切方案，预测单酶切或双酶切白菜类材料基因组所获得的酶切片段分布情况；(2)根据酶切片段分布特点设计条形码接头及PCR扩增引物；(3)构建简化基因组测序文库；(4)利用步骤(3)构建的文库进行上机测序；(5)根据测序结果获得SNP标记位点，用于构建指纹图谱；表1酶切方案<img file="FDA0001705004530000011.TIF" wi="700" he="439"/>