DNA混合物中组织的单倍型的甲基化模式分析
提供了用于确定不同组织对生物样品的贡献的系统、设备和方法，所述生物样品包括来自多个组织类型的无细胞DNA分子的混合物，例如如在血浆或血清和其它体液中发生。实施方案能够分析DNA混合物的针对特定单倍型的甲基化模式(例如，特定基因座处的甲基化水平)，并且能够确定多个组织类型对DNA混合物的分数贡献，例如胎儿组织类型或可能具有肿瘤的特定器官的组织类型的分数贡献。针对单倍型确定的此类分数贡献可以以多种方式使用。
发明专利
CN201680054736.4
2016-07-20
CN108138233A
2018-06-08
C12Q1/6883(2018.01)I
香港中文大学
卢煜明;陈君赐;赵慧君;江培勇;孙坤
中国香港新界
北京英赛嘉华知识产权代理有限责任公司 11204
王达佐%洪欣
中国香港;81
利用来自孕妇的生物样品确定所述孕妇的未出生胎儿的胎儿基因组的部分的方法，其中所述生物样品包括来自多个组织类型的无细胞DNA分子的混合物，所述多个组织类型包括母体组织类型和胎儿组织类型，所述胎儿具有父亲和身为所述孕妇的母亲，所述方法包括：通过计算机系统分析来自所述生物样品的多个无细胞DNA分子，所述多个无细胞DNA分子为至少1,000个无细胞DNA分子，其中分析无细胞DNA分子包括：鉴定所述无细胞DNA分子在参考人类基因组中的位置；和确定所述无细胞DNA分子各自的等位基因；确定所述胎儿的第一亲本的第一亲本基因组的第一染色体区域的第一单倍型和第二单倍型；鉴定所述第一亲本基因组的第一染色体区域的一个或多个杂合基因座，各杂合基因座包括所述第一单倍型中的对应的第一等位基因和所述第二单倍型中的对应的第二等位基因；鉴定第一组的多个无细胞DNA分子，各无细胞DNA分子：位于所述一个或多个杂合基因座的任一个处，包括所述杂合基因座的对应的第一等位基因，和包括N个基因组位点的至少一个，N是大于或等于2的整数；利用所述第一组的多个无细胞DNA分子测量所述N个基因组位点处的N个第一混合甲基化水平；通过所述计算机系统，利用所述N个第一甲基化水平确定所述混合物中胎儿组织类型的第一分数贡献；鉴定第二组的多个无细胞DNA分子，各无细胞DNA分子：位于所述一个或多个杂合基因座的任一个处，包括对应的第二等位基因，和包括所述N个基因组位点的至少一个；利用所述第二组的多个无细胞DNA分子测量所述N个基因组位点处的N个第二混合甲基化水平；通过所述计算机系统，利用所述N个第二甲基化水平确定所述混合物中胎儿组织类型的第二分数贡献；计算所述第一分数贡献和所述第二分数贡献之间的第一分离值；基于所述第一分离值确定所述一个或多个杂合基因座处的胎儿基因组的部分。