DNA混合物中的组织甲基化模式分析

摘要：

利用特定基因组位点的甲基化水平测定不同组织对DNA混合物的贡献。M个组织类型的组织特异性甲基化水平可以用于对DNA混合物中所测量的混合甲基化水平进行解卷积，以测定M个组织类型中的每一个的贡献率。可以选择具有跨越组织类型和跨越个体的特定性质的各种类型的基因组位点，以便在测定各种组织类型的贡献时提高准确性。贡献率可以用于检测特定组织的异常贡献，指示组织的疾病状态。还可以利用对不同尺寸的DNA片段的贡献率的差异来鉴定特定组织的疾病状态。可以在特定组织中检测到特定染色体区域的序列不均衡，例如鉴定肿瘤位置。

专利类型：发明专利

申请/专利号：CN201580045087.7

申请日期：2015-07-20

公开/公告号：CN106795562A

公开/公告日：2017-05-31

主分类号：C12Q1/68(2006.01)I

申请/专利权人:香港中文大学

发明/设计人:赵慧君;陈君赐;卢煜明;江培勇;孙坤

主申请人地址:中国香港新界

专利代理机构:北京英赛嘉华知识产权代理有限责任公司 11204

代理人:王达佐%洪欣

国别省市代码:香港;HK

权利要求：

一种分析生物体的生物样品的方法，所述生物样品包括来自多个组织类型的游离DNA分子的混合物，所述多个组织类型包括第一组织类型，所述方法包含：通过计算机系统分析来自所述生物样品的多个游离DNA分子，所述多个游离DNA分子是至少1,000个游离DNA分子，其中分析游离DNA分子包括：鉴定所述游离DNA分子在对应于所述生物体的参考基因组中的位置；鉴定第一组所述多个游离DNA分子，其各自位于对应于所述生物体的所述参考基因组的第一染色体区域的N个基因组位点中的任一个，N是大于或等于10的整数；使用所述第一组多个游离DNA分子测量所述N个基因组位点的N个第一混合甲基化水平；通过所述计算机系统，使用所述N个第一甲基化水平测定所述第一组织类型在所述混合物中的第一贡献率；鉴定第二组所述多个游离DNA分子，其各自位于对应于所述生物体的所述参考基因组的第二染色体区域的K个基因组位点中的任一个，K是大于或等于10的整数，其中所述第二染色体区域不同于所述第一染色体区域；使用所述第二组多个游离DNA分子测量所述K个基因组位点的K个第二混合甲基化水平；通过所述计算机系统，使用所述K个第二甲基化水平测定所述第一组织类型在所述混合物中的第二贡献率；计算所述第一贡献率与所述第二贡献率之间的第一分离值；以及对所述第一分离值与阈值进行比较，以确定所述第一组织类型的所述第一染色体区域是否具有序列不均衡的分类。