A型流感病毒流行毒株耐药检测基因芯片的制备和使用方法
本发明涉及一种A型流感病毒流行毒株耐药检测基因芯片的制备和使用方法。本发明基因芯片包括对季节性H1N1、甲型H1N1、季节性H3N2三种流感亚型进行奥司他韦和金刚胺类耐药检测的29条特异性寡核苷酸探针及1条质控探针、9条RT-PCR扩增用特异性引物和载体，全部探针分布在载体上。本发明还包括了基因芯片的制备方法，包括：1.引物探针的设计；2.探针的合成；3.芯片的制备。本发明还包括了基因芯片的使用方法，包括：1.流感病毒基因组RNA的提取；2.两组RT-PCR扩增；3.芯片杂交；4.杂交后清洗；5.芯片扫描；6.数据分析。本发明具有快速、准确、高通量、高灵敏度、高特异性的特点。
发明专利
CN201110220760.X
2011-08-03
CN102251060A
2011-11-23
C12Q1/70(2006.01)I
中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所
王升启;张英杰;陈苏红;刘琪琦
100850 北京市海淀区太平路27号
北京;11
一种A型流感病毒流行毒株耐药检测的基因芯片，其特征是它包括对季节型H1N1、甲型H1N1、季节型H3N2三种l流感亚型进行奥司他韦及金刚胺类耐药检测的29条特异性寡核苷酸探针、1条质控探针和载体，全部探针均分布于载体上；用于NA基因和M基因耐药突变位点序列扩增的通用引物9条。对季节型H1N1进行耐药检测的特异性寡核苷酸探针序列??1??H1N1?27?W1??ACCCTCTTGTTGTTGCC??17??V27野生??2??H1N1?27?W2??ATCCTCTTGTTGTTGCC??17??V27野生??3??H1N1?27?W3??ATCCTCTCGTTATTGCC??17??V27野生??4??H1N1?27?M1??ACCCTCTTGCTGTTGCC??17??V27突变??5??H1N1?27?M2??ATCCTCTTGCTGTTGCC??17??V27突变??6??H1N1?27?M3??ATCCTCTCGCTATTGCC??17??V27突变??7??H1N1?31?W1??TTGCCGCAAGTATAATTG??18??S31野生??8??H1N1?31?W2??TTGCCGCAAGTATCATTG??18??S31野生??9??H1N1?31?W3??TTGCCGCAAGTATAGTTG??18??S31野生??10??H1N1?31?M1??TTGCCGCAAATATAATTG??18??S31N突变??11??H1N1?31?M2??TTGCCGCAAATATCATTG??18??S31N突变??12??H1N1?DF?W??ACCCAATTTTCATTATGAGGA??21??H274野生??13??H1N1?DF?M??ACCCAATTTTTATTATGAGG??20??H274耐药对甲型H1N1进行耐药检测的特异性寡核苷酸探针序列??14??PH1N1?27?W??TCCTCTCGTCATTGCAG??17??V27野生??15??PH1N1?27?M??ATCCTCTCGCCATTGCA??17??V27突变??16??PH1N1?31?W??TGCAGCAAGTATCATTGG??18??S31野生??17??PH1N1?31?M??TTGCAGCAAATATCATTGG??19??S31突变??18??PH1N1?DF?W??CCCTAATTATCACTATGAGGA??21??H274野生??19??PH1N1?DF?M??CCCTAATTATTACTATGAGG??20??H274耐药对季节型H3N2进行耐药检测的特异性寡核苷酸探针序列??20??H3N2?27?W1??ACCCGCTTGTTGTTGCC??17??V27野生??21??H3N2?27?W2??ACCCGCTTGTTGTTGCT??17??V27野生??22??H3N2?27?M1??ACCCGCTTGCTGTTGCC??17??V27突变??23??H3N2?27?M2??ACCCGCTTGCTGTTGCT??17??V27突变??24??H3N2?31?W1??TTGCCGCGAGTATCATTG??18??S31野生??25??H3N2?31?W2??TTGCTGCGAGTATCATTG??18??S31野生??26??H3N2?31?M1??TTGCCGCGAATATCATTG??18??S31N突变??27??H3N2?31?M2??TTGCTGCGAATATCATTG??18??S31N突变??28??H3N2?DF?W??GTGACAAGAGAACCTTATGTG??21??E119野生??29??H3N2?DF?M??GTGACAAGAGTACCTTATGT??20??E119耐药质控探针??30??Control?1??TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT??20NA基因扩增特异引物??31??NF11??CAAGAGTCTGAATGTGCATG??20??正向引物??32??NF12??CAAGAGTCTGAATGTATCTG??20??正向引物??33??NF5??CTGACCAACACCACCATA??18??正向引物??34??NR21??GGATCCCAAATCATCTCAAA??20??反向引物??35??NR5??CATCAATAGGGTCCGATA??18??反向引物M基因扩增特异引物??36??MF2?1??CGAATGGGGGTGCAGATGC??19??正向引物??37??MF2?2??CGAATGGGAGTGCAGATGC??19??正向引物??38??MR3?1??TCCACAGCATTCTGCTGTTCC??21??反向引物??39??MR3?2??TCCACAGCACTCTGCTGTTCC??21??反向引物