DNA测序仪短序列回贴基因组方法

摘要：

本发明属于对DNA测序数据的处理方法。为了提高短序列回帖基因组的效率，本发明提供了一种DNA测序仪短序列回帖基因组的方法，通过给出优化的全长离散种子组合，可以保证达到100％的查全率，同时提高数据处理的效率。

专利类型：发明专利

申请/专利号：CN201010519782.1

申请日期：2010-10-19

公开/公告号：CN102453751A

公开/公告日：2012-05-16

主分类号：C12Q1/68(2006.01)I

申请/专利权人:鼎生科技（北京）有限公司

发明/设计人:马斌

主申请人地址:100085 北京市海淀区上地信息路2号国际创业园C栋7-2室

专利代理机构:北京海虹嘉诚知识产权代理有限公司 11129

代理人:闫强

国别省市代码:北京;11

权利要求：

DNA测序仪短序列回贴基因组方法，其特征在于包括如下步骤：用全长离散种子组合对DNA测序仪产生的短序列和基因组做索引，以筛选出可能回贴的位置集合；全长离散种子为长度与所述短序列长度相同的代码串，代码串由若干位匹配码和通配符组成；匹配码代表需要将所述短序列和基因组进行比对的位，通配符代表不需要将所述短序列和基因组进行比对的位；所述全长离散种子组合为所述短序列回帖基因组达到100％查全率需要最低数量全长离散种子的组合；对应多种情况的所述全长离散种子组合如下所示，其中一个s#.w#.r#或者s#.w#.z#表示一组全长离散种子，#代表数字，s后面的数字表示种子长度，w后面的数字表示种子的权重，r后面的数字表示能达到100％查全率所允许的错配个数，z后面的数字表示能达到100％查全率所允许的在颜色空间允许的错配个数；r和z分别对应两种DNA测序仪输出短序列；1代表所述匹配码，*代表通配符；所述全长离散种子组合还包括如下所示任意全长离散种子组合的列置换后的结果：s15.w11.r1*11111111111*******111111111111111****111111111111111****111s17.w11.r1*11111111111***********11111111111111111******11111s18.w13.r11111111111111**********1111111111111111111111****1111*11111****11111111*s20.w13.r11111111111111**************1111111111111*111111******1111111s26.w13.r11111111111111**************************1111111111111s14.w8.r211**111111******11**111111******11**111111111111****11****111111****111111****11**1111****11**1111s16.w8.r211111111************11111111************111111111111****1111********1111****11111111********1111s17.w9.r2111**111111*********111**111111*********111**11111111111******1**11111111*11****11***111******1**11111***111*1*11***111s18.w9.r2111111***111*********111111***111*********111111***111111******111111******111******111111111***111******111s19.w9.r2111111111**************111111111****************1111111111111*****11111**********1111*****111111111**********11111s20.w10.r211111*****11111**********1111111111*****11111**********11111*****11111*****111111111111111********************1111111111s22.w10?12.r211111111111****************11111111111*****************1111111111111111******11111***********111111*****11111111111***********111111s23.w11.r211111111111*****************11111111111*******************1111111111111111******111111************11111******11111111111************111111s24.w12.r2111111111111************************111111111111111111******111111******111111************111111******111111111111************111111******111111s26.w12?13.r21111111111111*******************1111111111111********************1111111111111111111*******111111*************1111111******111111*111111*************1111111s27.w13.r21111111111111********************1111111111111**********************1111111111111111111*******1111111**************111111*******1111111111111**************1111111s28.w13.r2111*1**111*1**111*1**1*******111*1**111*1**111*1**1*******111*1**111*1**111*1**1*******111*1**111*1**111*1**1*******111*1**111*1**111*1**1*******111*1**111*1**111*1**1*******111*1**111*1**111*1**1s30.w13.r21111111111111******************************1111111111111*********************1111111111111********111111111*********111111111********1111*********1111s32.w13.r21111111111111*******************111111*******1111111************111111**************1111111***********1111111111111********************************1111111111111s33.w13.r2*******1111111111111*********************************11111111111111111111111111********************1111111******111111**************s39.w13.r21111111111111***************************************1111111111111***************************************1111111111111s25.w10.r31111111111********************1111111111********************1111111111********************111111111111111*****11111***************11111*****11111***************11111*****1111111111**********11111**********11111**********1111111111***************11111s30.w12.r3111111111111************************111111111111************************111111111111************************111111111111111111******111111******************111111******111111******************111111******111111111111************111111************111111************111111111111******************111111s34.w13.r31111111111111****************************1111111111111****************************1111111111111****************************11111111111111111111*******111111*********************1111111*******111111*********************1111111*******1111111111111**************111111**************1111111**************1111111111111*********************111111s36.w13.r3111*1**1***111*1**1***111************111*1**1***111*1**1***111************111*1**1***111*1**1***111************111*1**1***111*1**1***111************111*1**1***111*1**1***111************111*1**1***111*1**1***111************111*1**1***111*1**1***111************111*1**1***111*1**1***111************111*1**1***111*1**1***111************111*1**1***111*1**1***111************111*1**1***111*1**1***111*s42.w12.r3111111111111************************************111111111111************************************111111111111************************************111111111111************************************111111111111************************************111111111111111111******************************111111s46.w13.r31111111111111****************************************1111111111111**********************************************1111111111111**********************************************11111111111111111111******111111***************************s52.w13.r31111111111111***************************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