PPARD主效基因的鉴别、分子育种方法的建立及应用
本发明涉及PPARD主效基因的鉴别、分子育种方法的建立及在种猪遗传改良中的应用。本发明通过利用白色杜洛克×二花脸资源群体和中外猪种远缘群体，通过全基因组扫描连锁定位、目的区域基于高密度SNP标记的IBD精细定位和远缘群体的选择效应分析、最后鉴别了猪耳性状、脂肪沉积、头重和胴体长的主效基因-PPARD和关键因果突变位点-G32E。通过现代分子生物学技术检测该位点，利用基因辅助选择的方法，选择有利的基因型个体留种，可以显著提高种猪耳性状、脂肪沉积、头重和胴体长性状的选育改良效率。本发明还公开了上述基因及其因果突变位点的鉴别过程以及利用本发明的基因标记进行猪耳性状、脂肪沉积、头重和胴体长选育的方法。
发明专利
CN200910186716.4
2009-12-15
CN101805739A
2010-08-18
C12N15/12(2006.01)I
江西农业大学
黄路生;任军;段艳宇;乔瑞敏;姚飞
330045 江西省南昌市昌北开发区志敏大道888号
江西省专利事务所 36100
张文
江西;36
?一个影响猪耳性状、脂肪沉积、头重和胴体长的主效基因，其特征在于：cDNA序列具有下述核苷酸序列之一：(1)序列表中SEQ?ID?No：2的多核苷酸，它由2717个碱基组成，其序列如下所示：gttgacagga?actgccctgt?agaggtccat?ctgcactcag?acccagatga?tgccagagct????60atgaccgggc?ctgcaggcgt?ggcgccgagg?ggaagtcagc?catggagcag?ccgccggagg????120aagcccctga?ggtccgggaa?gaggagaaga?aaaaggaagt?ggcagaggcc?gaaggaggcc????180cagagctcaa?tgggggacca?gagcactcgc?ttccctccag?cagctgtaca?gatctctccc????240agagctgctc?tccacccgcg?ctgctggacc?agctgcagat?gggctgcgac?ggggcctcgt????300gcggtggcct?cagcatggag?tgccgggtgt?gcggggacaa?ggcatcaggc?ttccactacg????360gagtccacgc?ttgcgagggg?tgcaagggct?tcttccgccg?gacaatccgc?atgaagctgg????420agtacgagaa?gtgtgagcgg?atctgcaaga?tccagaagaa?gaaccgcaac?aagtgccagt????480actgccgctt?ccagaaatgc?ctggcgctgg?gcatgtctca?caacgccatt?cgctttggcc????540ggatgcccga?ggcagagaaa?aggaagctgg?tggctgggct?gacggcaaac?gaggggagtc????600agcacaaccc?gcaggtggct?gacctgaagg?ccttctccaa?gcacctctac?agcgcctacc????660tgaaaaactt?caacatgacc?aaaaagaagg?cccgcgccat?cctcaccggc?aaggccagcc????720acacagcgcc?ctttgtgatc?cacgacatcg?agacgttgtg?gcaggccgag?aagggcctgg????780tgtggaagca?gctggtgaat?ggcctgccgc?cctacaagga?gatcagcgtg?cacgtcttct????840accgctgcca?gtgcaccacg?gtggagacgg?tgcgcgagct?gaccgagttc?gccaagagca????900tccccagctt?cgaccacctc?ttcctcaacg?accaggtgac?ccttctcaag?tacggcgtgc????960acgaggccat?cttcgccatg?ctggcctcca?tcgtcaataa?ggatgggctg?ctggtggcca????1020acggcactgg?ttttgtcacc?cgcgagttcc?tgcgcagcat?ccgaaagccc?ttcagtgaca????1080tcattgagcc?caagtttgag?ttcgctgtca?agttcaatgc?cctggaactc?gatgatagtg????1140acctggctct?cttcatcgca?gccatcattc?tgtgtggaga?ccggccaggc?ctcatgaacg????1200tgtcacaggt?ggaggccatc?caggacacca?tcctgcgtgc?cctcgagttc?cacctgcagg????1260ccaaccaccc?cgacgcccag?tacctcttcc?ccaagctgct?gcagaagatg?gcagacctgc????1320ggcagctggt?caccgagcac?gcccagatga?tgcagcggat?caagaagacc?gagaccgaga????1380cctcgctgca?ccccctgctc?caggagatct?acaaggacat?gtactgaggg?gtgcgccttg????1440ggcctcccaa?caggcctccc?ggagcaggtg?gacggcgcgg?ggacagacac?tgcctgcggg????1500acgtttccgt?tgaccagccc?gagccctcag?ccgagcagca?ggtcacaggc?tcagccagac????1560gcacggcctc?ccactcctta?tagccctgcc?tcctctccct?cctcagctcc?cctctctctc????1620atctctttgc?tctttctttt?ccttcctctc?tcagcctcgc?tttctctctc?cccatcctgt????1680ctgtccatct?ttctcttcct?gtgagacagt?ttgtgttatt?tcaccagcac?caaaacaaga????1740ccgctgcttt?gtcccctgct?ccccggcccc?ggagcaggag?ggggcagggc?ctgccctctg????1800caccaaccat?cgccttctcc?agtcttcaaa?ggacacgcag?gccatccaaa?gaaacactaa????1860gctctccggg?cctggcttac?tggggaagcc?acgcagggcc?tgggctgagt?gccgagcagc????1920cctagccaca?gggtccctgg?gggaggccgc?ccacccgagg?ctgaggctgg?caccccatgg????1980ctgagcggac?cccgctcctg?cagcatgcct?cagccccaca?gacgcccacc?cctcttttgt????2040ttttctttgc?accagtcttc?caggccagtg?ccactgtgct?ggctgctggc?ggatgccccc????2100agcctggatg?gaggtgggat?tccctccagg?tgggggcgcc?cacaccccca?ttgaagagga????2160gcatgcctca?agggagcagt?tggtagggaa?ggcagtgggc?agcagacttg?attctgaccc????2220caggccttgg?gtgggtcctc?cctcagcacc?ccactctctc?cagcctctgc?agcagccact????2280gagccctgcc?cacgctgtgt?cagcatcgca?cctcccacct?ccgcagcacc?ccggcttggc????2340ctcagccacg?cccttctttc?tccagccggg?cgacactggc?tccagcccag?ctgaagcgca????2400cactccctgg?agcgcctcca?gcacacgcag?cacgagcact?gaaatcactt?tacctgcagg????2460ttccacaacc?tcggcctccc?tcctgaggca?ggtggaccac?agagctgtgc?ccctgactcc????2520ccgggcgggc?ggggagccct?gctgccccag?cccagcactg?ctcgcagggg?aggtacccag????2580gatgaactga?tcccgctcac?ttgtgacacc?catttgttcc?agcagctctg?ctgccctccc????2640ctttccttgt?gattggccca?gccaggcacc?tggagctctc?cctgcaccgc?ttctggtgac????2700cagggaccct?gccaggc???????????????????????????????????????????????????2717；(2)编码序列表中SEQ?ID?No：1的氨基酸，它由441个氨基酸残基组成，其序列如下所示：MEQPPEEAPE?VREEEKKKEV?AEAEGGPELN?GEPEHSLPSS?SCTDLSQSCS?PPALLDQLQM????60GCDGASCGGL?SMECRVCGDK?ASGFHYGVHA?CEGCKGFFRR?TIRMKLEYEK?CERICKIQKK????120NRNKCQYCRF?QKCLALGMSH?NAIRFGRMPE?AEKRKLVAGL?TANEGSQHNP?QVADLKAFSK????180HLYSAYLKNF?NMTKKKARAI?LTGKASHTAP?FVIHDIETLW?QAEKGLVWKQ?LVNGLPPYKE????240ISVHVFYRCQ?CTTVETVREL?TEFAKSIPSF?DHFFLNDQVT?LLKYGVHEAI?FAMLASIVNK????300DGLLVANGTG?FVTREFLRSI?RKPFSDIIEP?KFEFAVKFNA?LELDDSDLAL?FIAAIILCGD????360RPGLMNVSQV?EAIQDTILRA?LEFHLQANHP?DAQYLFPKLL?QKMADLRQLV?TEHAQMMQRI????420KKTETETSLH?PLLQEIYKDM?Y??????????????????????????????????????????????441；(3)与序列表中SEQ?ID?No：2限定的核苷酸序列具有90％以上同源性，且编码相同功能蛋白质的核苷酸序列；(4)在高严谨条件下可与序列表中的SEQ?ID?No：2限定的DNA序列杂交的核苷酸序列。